| Alto Fragua Indi Wasi |
| Alto Fragua Indi Wasi y Resguardo La Esperanza |
| Amacayacu |
| Amacayacu y Resguardo Mocagua, Macedonia, El Vergel y Zaragoza |
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| Amacayacu y Resguardo Puerto Nariño |
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| Amacayacu y Resguardo Ríos Cptuhé y Putumayo |
| Buena Vista |
| Cahuinari y Resguardo Predio Putumayo |
| Cerro Cerritos |
| Cerro El Capricho |
| Cerro Mirolindo |
| Complejo Volcanico Dona Juana Cascabel |
| Cordillera de los Picachos |
| Corredor Biologico Guacharos Puracè |
| Cuenca Alta del Rio Mocoa |
| Cuenca Alta del Rio Mocoa y Resguardo Camentatsa Biya |
| Cuenca del Rio las Ceibas |
| Cueva de los Guacharos |
| De Cuatro Microcuencas del Municipio de Inirida |
| El Arrullo |
| El Laurel |
| Hacienda Esmeraldas |
| Hacienda Villa Mery |
| Isla de la Corota |
| Jardin Botanico de la Macarena I |
| Jardin Botanico de la Macarena II |
| La Gurrera |
| La Lindosa - Angosturas |
| La Paya |
| La Paya y Resguardo La Paya |
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| La Paya y Resguardo La Perecera |
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| La Paya y Resguardo Agua Negra |
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| La Paya y Resguardo Bajo Casacuente |
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| La Paya y Resguardo Cecilia Cocha |
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| La Paya y Resguardo Consara - Mecaya |
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| La Paya y Resguardo El Hacha |
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| La Paya y Resguardo El Tablero |
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| La Paya y Resguardo Jirijiri |
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| La Paya y Resguardo Lagarto Cocha |
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| La Paya y Resguardo Witora o Huitora |
| Laguna La Cocha Cerro Patascoy |
| Laguna La Cocha Cerro Patascoy y Resguardo Alto Orito |
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| Laguna La Cocha Cerro Patascoy y Resguardo Refujio del Sol |
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| Laguna La Cocha Cerro Patascoy y Resguardo Simorina |
| Las Areas Naturales la Siberia y Parte de la Cuenca Alta del Rio las Ceibas |
| Las Margaritas |
| Miraflores |
| Miraflorez |
| Nukak |
| Nukak y Resguardo Morichal Viejo, Santa Rosa, Cerro Cucuy, Santa Cruz, Caño Danta- Otro |
| Parque Natural Regional Paramo de las Ovejas-Tauso |
| Paway |
| Plantas Medicinales Orito Ingi Ande |
| Puinawai y Resguardo Parte Alta Del Río Guainía |
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| Purace |
| Rio Bobo y Buesaquillo |
| Rio Pure |
| San Gabriel |
| Serrania de Chiribiquete |
| Serrania de Chiribiquete y Resguardo El Itila |
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| Serrania de Chiribiquete y Resguardo El Porvenir Kananguchal |
| Serrania de los Churumbelos Auka Wasi |
| Serrania de los Churumbelos Auka Wasi y Resguardo Villa Maria de Anamú |
| Serrania la Vieja |
| Sierra de la Macarena |
| Tinigua |
| Verdeyaco el Oxigeno |
| Yaigoje Apaporis y Resguardo Yaigojé - Río Apaporis |
| Zona de Biodiversidad El Triunfo |
| Zona de Biodiversidad La Loma |
| Zona de Biodiversidad La Vega |